El 17 de noviembre de 2008, Javier Herrera Valles fue detenido por aproximadamente 20 elementos de la entonces Policía Federal Preventiva (PFP), perteneciente a la Secretaría de Seguridad Pública (SSP), según lo reportado a la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) un día después por los familiares de quien era comisario general de la citada PFP.
En mayo de 2007 había sido nombrado coordinador de seguridad regional de la PFP y mientras permaneció en ese cargo se enteró de irregularidades, mismas que hizo del conocimiento de sus superiores jerárquicos, lo que ocasionó que el 12 de febrero de 2008 fuera removido de su función y, a partir del 22 de abril de 2008, empezó a ser intimidado y a publicarse notas periodísticas en las que se señalaba su participación en actividades delictivas.
Herrera Valles fue amagado físicamente (el 28 de septiembre de 2008 lo pretendieron detener en su domicilio por una denuncia anónima de que en esos momentos estaba golpeando a su esposa, quien no estaba en casa y negó tal agresión) y mediáticamente (notas en su contra en ediciones del 13, 15 y 16 de mayo, y del 20 y 21 de octubre de 2008 en las páginas de Internet de El Universal y La Crónica), vigilado y presionado hasta su detención en noviembre, cuando fue apresado sin orden judicial, golpeado (fractura del noveno arco costal) y procesado bajo acusación de delincuencia organizada y delitos contra la salud.
El delito de Herrera Valles (quien estuvo casi cuatro años preso; también su hermano Arturo, quien era inspector general de la PFP en Tabasco) consistió en reportar a Felipe Calderón Hinojosa, mediante sendas cartas enviadas en febrero y mayo de 2008, las irregularidades que había observado, sin saber que el entonces ocupante de Los Pinos protegía al máximo a quien entonces y ahora ha figurado como su cómplice y socio.
